Nakon reintegracije gradskih općina, a po potpisivanju Dejtonskog sporazuma, ponovo se pristupa izmjenama i dopunama akta o organizaciji i sistematizaciji, na temelju kojeg se osnivaju nove Službe i to:
- Služba socijalne zaštite Vogošća u čijem sastavu je odjeljenje Ilijaš
- Odjeljenje Trnovo pri Službi Ilidža
Godine 1997. odjeljenje Trnovo se iz Službe Ilidža izdvaja i pripaja Službi Hadžići, a pri Službi Novi grad se formira odjeljenje Dobrinja. Dotadašnje Službe za zaštitu porodice sa djecom i pravno finansijske poslove se reorganiziraju i formiraju nove Službe:
- Služba za koordinaciju i savjetodavni rad, pravne, kadrovske i analitičko planske poslove
- Služba za računovodstvo, materijalne i opće poslove
Skupština Kantona Sarajevo 1997 godine preuzima pravo osnivača i osniva JU"Kantonalni centar za socijalni rad" u čiji sastav ulaze postojeće Službe sa odjeljenjima, s tim da se odjeljenje Ilijaš izdvaja iz Službe Vogošća i formira posebna Služba Ilijaš.
Rad u Službama se mijenja i organizira po principu rada po referatima.
Godine 2003 prelazi se sa referatskog na polivalentni rad. Donošenjem novog akta o organizaciji i sistematizaciji, 2006 godine uvodi se rad po sturčnim cjelinama.
Stručne cjeline obuhvataju:
- - opći socijalni rad i trijažu,
- - zaštita braka porodice i djece
- - zaštitu, tretman djece i omladine sa poremaćajem u ponašanju i članova njihove porodice.
- Istim Pravilnikom, poslovi iz djelokruga rada Centra organizuju se i provode u organizacionim jedinicama i to:
- Služba za pravne poslove, koordinaciju i informisanje,
- Služba za računovodstvene i opšte poslove
- Služba socijalne zaštite općine Ilijaš
- Služba socijalne zaštite općine Hadžići
- Služba socijalne zaštite općine Vogošća
- Služba socijalne zaštite općine Ilidža - odjeljenje Trnovo
- Služba socijalne zaštite općine Novi grad
- Služba socijalne zaštite općine Novo Sarajevo
- Služba socijalne zaštite općine Centar
- Služba socijalne zaštite općine Stari grad
Ovakva organizacija rada mijenja se stupanjem na snagu novog Pravilnika o radu JU"Kantonalni centar za socijalni rad" od 06.09.2018 godine.
Prema novom pravilniku poslovi iz djelokruga rada Centra organizuju se i provode u organizacionim jedinicama - Službama i to:
- Služba za pravne poslove, koordinaciju i informisanje,
- Služba za računovodstvene i opšte poslove
- Služba za primjenu odgojnih preporuka i odgojnih mjera
- Služba za hraniteljstvo
- Služba socijalne zaštite općine Ilijaš
- Služba socijalne zaštite općine Hadžići
- Služba socijalne zaštite općine Vogošća
- Služba socijalne zaštite općine Ilidža sa odjeljenjem Trnovo
- Služba socijalne zaštite općine Novi grad
- Služba socijalne zaštite općine Novo Sarajevo
- Služba socijalne zaštite općine Centar
- Služba socijalne zaštite općine Stari grad
Pravilnikom o izmjenama i dopunama Pravilnika o radu JU "Kantonalni centar za socijalni rad" koji je stupio na snagu 21.09.2019 godine formirana je nova organizaciona jedinica Služba za opšte poslove, edukaciju i saradnju sa međunarodnim i domaćim organizacijama.
Prema izmjenama i dopunama Pravilnika poslovi iz djelokruga rada Centra organizuju se i provode u organizacionim jedinicama - Službama i to:
- Služba za opšte poslove, edukaciju i saradnju sa međunarodnim i domaćim organizacijama,
- Služba za pravne poslove, koordinaciju i informisanje,
- Služba za računovodstvene i opšte poslove
- Služba za primjenu odgojnih preporuka i odgojnih mjera
- Služba za hraniteljstvo
- Služba socijalne zaštite općine Ilijaš
- Služba socijalne zaštite općine Hadžići
- Služba socijalne zaštite općine Vogošća
- Služba socijalne zaštite općine Ilidža sa odjeljenjem Trnovo
- Služba socijalne zaštite općine Novi grad
- Služba socijalne zaštite općine Novo Sarajevo
- Služba socijalne zaštite općine Centar
- Služba socijalne zaštite općine Stari grad
Stručni poslovi u Službama socijalne zaštite obavljaju se u pravilu timski, a organizovani su u tri stručne cjeline i to:
- stručnu cjelinu opšteg socijalnog rada koji se odnosi na organizovano provođenje socijalne zaštite i druge poslove iz oblasti socijalne zaštite zanovane na načelima zakonitosti, humanizma, ravnopravnosti i socijalne sigurnosti.
- stručnu cjelinu zaštite djece, porodice i braka koja obuhvata sve poslove iz oblasti porodičnog zakonodavstva a koje se odnose na poslove starateljstva, usvojenja i hraniteljstva, te poslove koje proizilaze iz zakona o hraniteljstvu i iz zakona o zaštiti nasilja u porodici.
- zaštita i stručna cjelina zaštite i tretmana djece i omladine sa poromećajem u ponašanju i članova porodice koja obavlja poslove iz oblasti zakona o zaštiti postupanju prema djeci i maloljetnicima u krivičnom postupku i drugim propisima koji uređuju pitanje maloljetničkog prestupništva a koja nisu regulisana ovim zakonom